W produkcji masowej, jak oraz w pojedynczym wytwarzaniu medykamentów ziołowych, wykorzystywane są rozmaite części rośliny. Może to być korzeń bądź też kompletne systemy korzeniowe, jak np. w przypadku kozłka lekarskiego. Przeważnie trzon dobry oczyszcza się z mniejszych poprzecznych korzeni lub ewentualnie okorowuje z brązowego naskórka. Inną użytkowaną podziemną częścią rośliny są jej pędy. Wytarzają je m. in. zioła takie jak perz i tatarka.
W większości wypadków zbieranym surowce są liście oraz kwiaty - sklep z olejkami konopnymi. Nieraz pozytywne działanie rośliny wolno ograniczyć zbierając, lub odcinając ogonki liściowe od blaszki. Jeśli postanawiamy wykorzystać kwiatostan, też należy wcześniej dowiedzieć się, czy będziemy potrzebować całych koszyczków kwiatowych, koron czy tylko płatków jak w przypadku kwiatu róży. Innymi fragmentami roślin używanymi w lecznictwie są: owoce, nasiona, pączki i kora z młodych drzew i krzewów. Zioła posiadają też silny zapach. Dlatego też użytkuje się je do wyrobu olejków eterycznych, bądź jako wysoce cenione przyprawy kuchenne.